Python

1. Beschreibung

....

2. Download / Installation

Zur Zeit sind mehrere Versionen im Gebrauch, weswegen man die richtige auswählen muss. Glücklicherweise lassen sich u.a. Version 2.7 und Version 3 parallel nutzen.

2.1. Windows

https://www.python.org/downloads/windows/

Hinweis: Bei der Installation ist es meist praktikabel, Python in die Wnndows-Pfad-Einstellungen zu übernehmen. Ist ein eigener Menüpunkt in der Installationsauswahl;.

2.2. Debian Stretch/Sid

sudo aptitude install python
sudo aptitude install python2.7
sudo aptitude install python3

3. Module

Python bringt ein eigenes Installationsprogramm für Module mit sich: pip. Diees wird man meist mit der MS-DOS-Eingabeaufforderung (oder PowerShell) im Administrator-Modus nutzen müssen. pip lädt die Module automatisch herunter (Internetzugang vorausgesetzt) und installiert diese im Programmverzeichnis.

3.1. numpy

Links:

3.1.1. Windows

Der einfache Weg ist die Installation mit pip. Hierzu gibt man folgendes in die MS-DOS-Eingabeaufforderung ein

pip install numpy
3.1.2. Debian
sudo aptitude install python-numpy

3.2. samtools / pysam

Links:

3.2.1. Windows

samtools unterstützt Windows nicht direkt. samtools gibt es als Download von 2012 bei https://bow.codeplex.com/releases. Das Archiv entpacken und die darin enthaltenen Binaries mit der WIndows-Konsole nutzen.

pip install pysam
3.2.2. Debian
sudo aptitude install samtools samtools-test

oder

pip install pysam

3.3. htseq

Links:

3.3.1. Windows

eventuell

pip install htseq

Ansonsten den MS Windows Installer nehmen.

3.3.2. Debian
sudo aptitude install python-htseq python-htseq-doc

3.4. wheel

Links:

3.4.1. Windows
Siehe Screenshots

aus der Dokumentation

pip install --upgrade pip
pip install wheel

Der Rest ist mir unklar. Die unterstützten Plattformen erhält man mit

import pip
print(pip.pep425tags.get_supported())

Auszug meines Test-Systems

E:\>python
Python 2.7.13 (v2.7.13:a06454b1afa1, Dec 17 2016, 20:42:59) [MSC v.1500 32 bit (Intel)] on win32
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import pip
>>> print(pip.pep425tags.get_supported())
[('cp27', 'cp27m', 'win32'), ('cp27', 'none', 'win32'), ('py2', 'none', 'win32'), ('cp27', 'none', 'any'), ('cp2', 'none', 'any'), ('py27', 'none', 'any'), ('py2', 'none', 'any'), ('py26', 'none', 'any'), ('py25', 'none', 'any'), ('py24', 'none', 'any'), ('py23', 'none', 'any'), ('py22', 'none', 'any'), ('py21', 'none', 'any'), ('py20', 'none', 'any')]
>>> quit()

eventuell bei einer .whl-Datei von einer Webseite diese in .wheel umbenennen, in ein passendes Verzeichnis kopieren - wie zb direkt unter E:\ - und danach mit pip installieren

C:\>E:
E:\>python -m pip install numpy-1.12.0-cp27-none-win32.whl
3.4.2. Debian
TODO

3.5. pip

Links:

3.5.1. Windows

pip findet sich bei mir unter C:\Python27\Scripts\pip.exe. Ist es nicht vorhanden, wird man es nachinstallieren müssen.

3.5.2. Debian
TODO

3. Nutzung

3.1. Arbeitsverzeichnis

aktuelles Arbeitsverzeichnis anzeigen

import os
cwd = os.getcwd()
cwd

Arbeitsverzeichnis wechseln

os.chdir('D:/arbeit')

4. Screenshots

wheel numpy windows