GoMiner

1. Vorbereitung

Externe Links: QuickStart.pdf, GoMiner Installation

2. Installation

2.1. GoMiner

gominer.jar downloaden und in ein passendes Verzeichnis kopieren.

2.2. Java

Windows:
Aus Sicherheitsgründen Java auf die neueste Release-Version aktualisieren.

Debian Linux:
aptitude install java-runtime

2.3. Lokale MySQL-Datenbank

Die Anleitung von https://discover.nci.nih.gov/gominer/enhance.jsp kann unverändert übernommen werden.

Zuerst MySQL installieren.
und ein MySQL-Administrator-Passwort für MySQL festlegen (zB myadminpassword).

Windows:
Hier gäbe es die MySQL Community Edition (GPL) oder als Alternative MariaDB.

Debian Linux:
aptitude install mysql-common
oder aptitude install mariadb-common
Nun in die MySQL-Konsole einloggen - entweder übers Startmenü oder über eine System-Konsole -
mysql -uroot -pmyadminpassword

eine Datenbank erstellen (Benutzername gomineruser, Benutzerpassword gominerpassword und Datenbankname gominerdb sind Beispielangaben)
create database IF NOT EXISTS gominerdb;

einen Benutzernamen mit dazugehörigem Benutzerpasswort anlegen
grant ALL on *.* to 'gomineruser'@'localhost' identified by 'gominerpassword';

und wieder ausloggen.
exit

2.4. GoMiner-Datenbankdaten downloaden und in Datenbank importieren

2.4.1. Download

Die Downloaddaten findet man hier: http://archive.geneontology.org/full/. go_monthly-assocdb-tables.tar.gz enthält die Datenbankstruktur sowie die Daten selbst.
Für die neuesten Daten lädt man aus dem Ordner "latest".

2.4.2. Datenbankdaten entpacken

7-zip ist ein gutes freies Packprogramm.

Platzverbrauch:

  • gepackt (go_monthly-assocdb-tables.tar.gz): 6,2GB

  • zu tar entpackt (go_monthly-assocdb-tables.tar): 36GB

  • vollständig entpackt (go_monthly-assocdb-tables/): 36GB

  • später in MySQL-Datenbank importiert (/var/lib/mysql/gominerdb/): 120GB


Alternativ über eine Linux-Konsole in einem Rutsch (vorher sichern, da die Ursprungsdatei gelöscht wird)
tar -zxvf DATEINAME.tar.gz

2.4.3. MySQL-Import

In das Verzeichnis mit den entpackten Datenbankdaten wechseln (als GO_DATA_DIR bezeichnet). Zuerst werden die sql-Dateien importiert und danach die txt-Dateien.
cd GO_DATA_DIR
cat *.sql | mysql -uUSERNAME -pPASSWORD -DDATABASE
mysqlimport -L -uUSERNAME -pPASSWORD DATABASE *.txt

zb:
cd ~/Download/go_monthly-assocdb-tables/
cat *.sql | mysql -ugomineruser -pgominerpassword -Dgominerdb
mysqlimport -L -ugomineruser -pgominerpassword gominerdb *.txt

Für Windows wird ein Skript angeboten (noch nicht von mir getestet!). Dieses downloaden ("speichern unter") und in den Verzeichnis mit den entpackten Datenbankdaten kopieren.
Eine MS-DOS-Eingabeaufforderung starten und mit "cd" in das Verzeichnis mit den entpackten Datenbankdaten wechseln, zb
cd Downloads
cd go_monthly-assocdb-tables

Das Skript mit den vorher festgelegten Datenbankzugriffsinformationen (Benutzername, Passwort, Datenbankname) ausführen
loadDB.bat . USERNAME PASSWORD DATABASE

zB
loadDB.bat . gomineruser gominerpassword gominerdb

3. GoMiner ausführen

Entweder gominer.jar mit Doppelklick starten oder über eine Konsole:
java -jar gominer.jar

Damit sich GoMiner mit der Datenbank verbindet, gibt man die Datenbankzugriffsinformationen an:

Choose Data Adapter:MySQL
Database Driver:com.mysql.jdbc.Driver
Database URL: (*1)jdbc:mysql://localhost:3306/gominerdb
User name:gomineruser bzw. den vorher gewählten Benutzernamen
Password:gominerpassword bzw. das vorher gewählte Benutzerpasswort
*1 ... localhost steht für den lokalen PC; 3306 ist der Port des MySQL-Servers; gominerdb ist der Datenbankname

Zu beachten!

For large input files (>10,000 genes) run "java -Xms256M -Xmx256M -jar gominer.jar" This will allocate more memory to run the application

live-wrapper terminal stretch rescue live iso grub
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